Sept ans après la disparition de son célèbre père, Lara Croft, vingt-et-un ans, refuse de prendre la direction de l’entreprise familiale et gagne sa vie en tant que coursière à vélo à Londres tout en suivant des cours à l’université.
Mais un jour, Lara hérite d’un artefact de son père et y trouve la clé pour accéder à une pièce secrète conservant les secrets de ce dernier. Elle découvre une vidéo dans laquelle son père avoue avoir découvert un tombeau, la Mère de la Mort, sur une île au sud du Japon en plein cœur de la mer du Diable. Sur cette île, une organisation qui se fait appeler la Trinité cherche le tombeau et pourrait donc mettre le monde en danger.
Accompagnée d’un groupe d’amis, Lara décide de partir enquêter pour empêcher que le tombeau tombe dans les mains de la Trinité. Mais l’expédition va vite basculer en tragédie et se transformer en lutte pour survivre.